继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：戴姆森·伊德瑞斯 Damson Idris 卡特·哈德森 塞尔吉奥·佩里斯-门切塔 Michael Hyatt 阿明·约瑟夫 Angela Lewis Isaiah John 马库斯·亨德森 Kevin Carroll
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演员：艾米贝丝·麦克纳尔蒂 杰拉丁妮·詹姆斯 罗伯特·H·托马斯 达莉拉·贝拉 卢卡斯·杰德·祖曼 科里恩·科斯洛 艾默里克·杰特·蒙塔兹 海伦·约翰斯 乔纳森·霍姆斯 达尔默·阿泽德 赖恩·基拉·阿姆斯特朗 克里斯蒂安·马廷 乔安娜·道格拉斯 科里·格鲁特-安德鲁 Miranda McKeon Stephen Tracey 特兰娜·基汀 Jacob Horsley Lia Pappas-Kemps Jacob Ursomarzo Kyla Matthews
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